天天小知识
《自然》发布2024年值得关注的七大技术(1)
深度学习助力蛋白质设计
从头设计蛋白质已经成熟为一种实用的工具,用于生成定制的酶和其他蛋白质。在这背后,深度学习功不可没。
其中,“基于序列”的算法使用大型语言模型,能够像处理包含多肽“单词”的文档一样,通过处理蛋白质序列辨别出真实蛋白质结构背后的模式。例如西班牙巴塞罗那分子生物学研究所开发的ZymCTRL,能利用序列和功能数据设计出天然酶。
基于结构的算法也不遑多让。美国华盛顿大学研究团队使用RFdiffusion设计的新蛋白质可与目标表面“完美吻合”,而更新版本的RFdiffusion能使设计者计算蛋白质的形状,为编码酶、转录调节剂、制造功能性生物材料等开辟了新途径。
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